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Concevoir une étude de biodiversité
Traduire une question écologique en plan de suivi solide : choix des sites, calendrier, nombre de points, réplicats et témoins. C'est cette étape qui décide de la validité de tout le reste.
Des formations modulaires pour les étudiants et les laboratoires : chaque étape de la chaîne — de l'échantillonnage à l'interprétation, par l'ADN comme par la culture — peut être suivie séparément. Des méthodes éprouvées dans les milieux les plus exigeants, applicables à tous les écosystèmes.
Après la publication de mes travaux, j'ai reçu de nombreux messages de chercheurs et d'étudiants. La question qui revenait n'était presque jamais théorique. C'était, à chaque fois : « concrètement, comment avez-vous fait ? »
Quelle technique d'extraction d'ADN privilégier, et comment l'améliorer ? Quelle quantité d'échantillon prélever, et combien de réplicats prévoir ? Comment isoler une souche quand les milieux de culture classiques ne donnent rien ? Comment relier l'ADN environnemental à ce que l'on observe réellement ? Des questions très pointues, auxquelles peu de cours répondent.
Ce sont des méthodes que j'ai dû construire moi-même. Je les ai forgées dans les conditions les plus difficiles — là où la salinité, la température ou l'anoxie font échouer les protocoles standards. Adapter ne serait-ce qu'une seule technique m'a demandé du temps, beaucoup d'essais et autant d'échecs. Mais une méthode qui tient dans ces milieux-là tient partout.
Ces formations existent pour que d'autres n'aient pas à reperdre ces années — et pour que chaque laboratoire puisse étudier ses écosystèmes avec rigueur, des milieux les plus courants aux plus exceptionnels.
Chaque formation est autonome. On peut suivre tout le parcours, du plan d'étude jusqu'à la restitution, ou entrer directement à l'étape qui manque. Toutes s'appuient sur des cas réels — des écosystèmes courants jusqu'aux milieux les plus exigeants.
Traduire une question écologique en plan de suivi solide : choix des sites, calendrier, nombre de points, réplicats et témoins. C'est cette étape qui décide de la validité de tout le reste.
La double prise : prélever le vivant proprement (eau, sédiment, biofilm) et lire son milieu — pH, conductivité/salinité, température, oxygène dissous, redox, nutriments. Contamination, conservation, traçabilité.
Détecter la biodiversité sans cultiver : extraction d'ADN, choix des marqueurs et amorces, PCR, et préparation rigoureuse de ce que l'on envoie à la plateforme de séquençage. Idéal pour les espèces discrètes ou invasives.
Bactéries et archées : concevoir des milieux sélectifs à partir des paramètres mesurés sur le terrain, enrichissements, conditions adaptées (halophiles, thermophiles, anaérobies), isolement de souches pures et conservation.
Des saumures aux lacs alcalins : mise en culture (lumière, CO₂/carbonates, salinité adaptée), souches unialgales puis axéniques, identification croisée (morphologie + marqueurs 18S, rbcL, ITS, 16S) et conservation. Une ressource à forte valeur écologique et biotechnologique.
Le séquençage est sous-traité partout : on apprend à commander et recevoir les livrables d'une plateforme, puis à les traiter — des fastq aux unités taxonomiques : nettoyage, pipeline, assignation. Le plus grand déficit de compétences, et il se forme entièrement à distance.
Donner du sens : croiser l'ADN, les souches isolées et les paramètres physico-chimiques. Diversité, espèces cibles ou invasives, lien avec l'état du milieu. Comprendre qui vit là, et pourquoi.
Transformer des résultats en livrables clairs : structurer un rapport, produire des figures lisibles, et défendre ses conclusions devant un comité scientifique comme devant un décideur non spécialiste.
Pour les publics solvables — bureaux d'études, industriels, laboratoires disposant de moyens — au prix du marché.
Gratuit ou très réduit pour les étudiants et laboratoires des pays à faibles revenus, soutenu par les inscriptions plein tarif et des partenariats institutionnels.
Un engagement bénévole assumé, au cas par cas, pour des projets de recherche et de renforcement de capacités.
Dites-moi votre projet, votre niveau et le module qui vous intéresse — nous trouverons le format et les conditions adaptés.
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